特殊的教育方法，自閉癥患者可逐漸適應正常生活。對兒童自閉癥要采用綜合性的治療方法。治療上重要的是教育和行為治療，目的是促進對患兒正常行為的教育，特別是社會性行為的矯正，糾正異常行為，消除睡眠障礙、發脾氣、多動等繼發性癥狀等。
患兒的家庭成員也要注意克服焦慮、自責、急躁情緒，方能對患兒的治療產生良好的效果。父母要改變養育方式，多接近、多關心患兒，給小孩以溫暖。此病預后大多不良，往往殘留行為障礙，以致適應困難，不能獨立生活。少數病人年長后能適應社會生活，智能好的患兒比智能差的患兒預后好。藥物治療僅對個別癥狀可能有效，且要在醫師的指導下服用。
如短期嚴重失眠，可用安定;有攻擊行為，可用奮乃靜;促進腦功能的藥物可選用腦復新、腦復康，或Y-酪氨酸，此外，利他林對治療孤獨和語言障礙有效。近年來，有人報告，服用芬氟拉明治療自閉癥獲得療效，服用后可減輕多動及刻板動作，改善注意力，對有些病例尚可提高智商。氟呱醇可改善兒童的孤僻、退縮及某些刻板的行為，藥物的選擇要取決于兒童的年齡、疾病的嚴重程度及病程的長短，劑量也應根據每個孩子的具體情況從小劑量開始，逐漸緩慢加量，直至出現適當的療效或副反應為止。
但是，值得提醒大家的是，雖然許多家長都信服分泌素，但經科學家們認真地分析，發現一劑分泌素對付自閉癥是無效的。患自閉癥的兒童，一般病程都比較長，所以用藥治療的時間也相對長一些。
