兒童自閉癥治療中，結構化程序十分重要。
在應用結構化的概念去訓練自閉癥兒童以前，有必要對孩子的一些缺陷重新理解。過去對患兒的一些表現僅觀察外表，并沒有深刻理解導致這些表現的原因。隨著越來越多的患者回歸社會，許多患者將他們患病時的感受用文字敘述了出來，形成了西方所謂的“自閉文化”，從而為改進兒童自閉癥治療方法提供了有用的參考。
眾所周知，語言接受困難和缺乏基本的交流語言是自閉癥兒童的特點之一。他們對語言不能理解，不能表達他們的基本要求，別人不知道他們是熱了、累了、還是餓了，他們只能代之以發脾氣或攻擊行為。他們的邏輯記憶很差，無法在頭腦中將事物有序地排列起來，即使是他們熟悉的事物。他們感到熟悉的動作和舒適，因而不愿意去學習新的動作和日常規范。這也是他們出現刻板行為和不愿意改變環境的原因之一。
多數自閉癥兒童因為不能控制自己的行為，不理解和接受科學規律，導致別人的另眼相看和自身自閉，由于他們缺乏社交能力，使他們可能毫無理由地取悅別人或對表揚無反應，這些原因使他們看上去對學習有抵觸。對感覺輸入的高敏感也是患兒出現不安、暴燥等行為的原因之一，也妨礙了對學習技能的掌握。
因此，如何針對自閉癥兒童的理解水平、接受水平來設置訓練計劃，如何應用結構化這一概念去安排課程，以期有效地訓練患兒。根據他們對結構化教育的需求進行訓練，是他們成功獲得學習經驗的第一步。
結構化教育對于行為問題的發生不采取直接的干預措施，而是尋找其發生的原因，譬如焦慮，當訓練自閉癥兒童對環境的認識和理解后，他們的焦慮就會減輕：訓練了他們與人交往，對人理解理解別人的要求，表達自己的要求時，許多行為問題就會迎刃而解。
